As diferentes actividades humanas na borda lagunar (portuária, indústria, agricultura, lazer e turismo), pese embora o seu valor económico, têm sempre aspectos negativos associados a erros de ordenamento do território ou a projectos sobredimensionados ou de interesse questionável, cuja principal consequência é a redução da área de habitat disponível. Conjuntamente com o problema da poluição das águas e a ocorrência de alguma caça ilegal, o património natural da Ria de Aveiro fica seriamente ameaçado.

Numa perspectiva de conservação, o problema não se coloca em termos de perda de habitat resultante da construção de uma estrutura, mas sim do efeito cumulativo da construção de várias estruturas.

Deste modo, a conservação da Ria de Aveiro passa pela definição de um plano de ordenamento, que compatibilize as actividades humanas tradicionais, o desenvolvimento económico da região e os valores naturais, de forma a aumentar a qualidade de vida das populações ribeirinhas e a evitar perdas irremediáveis do património biológico, etnográfico e histórico da laguna.