Dentro do Batistério encontramos dois sarcófagos romanos e alguns monumentos funerários incluindo um dedicado ao Antipapa João XXIII, Baldassarre Cossa, concebido por Donatello e Michelozzo no século XV e que é uma expressão sublime da arte do Renascimento, com 7,32 metros de altura.

Outras obras de arte realizadas originalmente para o Batistério tais como a Madalena Penitente feita de madeira por Donatello, o Altar de prata e o Parato di San Giovanni (painéis bordados com seda policromada e fio de ouro concebidos por Antonio del Pollaiuoloo) encontram-se actualmente no Museo dell’Opera del Duomo.

No centro do Batistério encontrava-se a antiga pia batismal, ladeada por uma cerca octogonal, como atesta o perímetro traçado no solo.
A Fonte Batismal, data de 1371, está decorada com seis baixos-relevos em mármore representando as gotas do batismo e a autoria é de um discípulo de Andrea Pisano. Está acompanhada por um candelabro e um par de fontes góticas.

O altar apresenta um estilo neo-romanesco e foi criado no início do século vinte pelo arquitecto Giuseppe Castelucci que conseguiu recuperar alguns fragmentos originais. Em frente ao altar há uma grelha que mostra as caves onde se encontram as ruínas do antigo edifício romano com pavimento em mosaicos geométricos. As ruínas foram descobertas graças a uma série de escavações realizadas no início do século vinte.

A cúpula e a abside do Batistério de S. João estão decoradas com mosaicos dourados. Os mosaicos da cúpula, dispostos em círculos concêntricos, representam as Hierarquias angelicais (2), as Histórias do Génesis (3), as Histórias de José (4), as Histórias da Virgem Maria e de Cristo (5) e, finalmente, as Histórias de S. João Baptista (6) e o famoso Julgamento Universal de Coppo di Marcovaldo.

O mosaico do Julgamento Universal (1) (Giudizio Universale) é dominado por um Cristo em majestade. À direita de Cristo encontram-se as recompensas dos bem-aventurados que abandonam os seus túmulos alegremente, e à esquerda de Cristo estão representados os castigos dos condenados.

As cenas do Inferno são muito pitorescas e apresentam um Satanás grande acompanhado de muitos demónios atormentados.